Namayanja sinh ra ở Kalagi, một ngôi làng thuộc quận Nakaseke (một trong những quận Tamwero) vào ngày 18 tháng 8 năm 1975 với cha mẹ là Jackson Ssebowa và Catherine Namirembe Ssebowa. Là một người bộ lạc Muganda, bà được sinh ra trong một gia đình Anh giáo. Bà chuyển đổi sang Giáo hội Cơ Đốc Phục Lâm khi còn học trung học. Bà theo học tại Nhà thờ Kabowa của Trường tiểu học Uganda và Light College Katikamu. Bà có bằng Cử nhân Nghệ thuật (1998) và Cử nhân Luật (2011), cả hai đều từ Đại học Makerere, trường đại học công lập lâu đời nhất và lớn nhất ở Uganda. Bà cũng có bằng Thạc sĩ Khoa học (2010), về Quản lý ngành An ninh, lấy từ Đại học Cranfield, Học viện Quốc phòng Vương quốc Anh.[7]